Για την αρχική ίδρυση του Πολυχρόνου στην περιοχή, όπου βρίσκεται σήμερα και αναπτύχθηκε στη συνέχεια, δεν υπάρχουν, παρά την ερευνητική προσπάθεια, ικανά και βέβαια ενημερωτικά στοιχεία, τα οποία να επιβεβαιώνουν ιστορικώς το γεγονός αυτό.
Για πολλές εκατοντάδες χρόνια οι γεωργο-κτηνοτροφικοί οικισμοί με τους κατοίκους τους εκεί ψηλά, πίσω από τα υψώματα και μέσα στα δάση, έζησαν απομονωμένοι και μακριά από τη θάλασσα, το μοναδικό και κυριότερο στοιχείο επικοινωνίας, για την εποχή εκείνη, με όλο τον άλλο μακρινό κόσμο. Είχαν, άλλωστε, απόλυτη αυτή την ανάγκη επικοινωνίας με τον τότε γνωστό κόσμο, διότι έπρεπε να διακινήσουν και διοχετεύσουν τα δικά τους προϊόντα προς αυτούς(ξυλεία, δημητριακά, λάδι, κρασί, μέλι) και να πάρουν και να μεταφέρουν από εκεί στον τόπο τους όσα αυτοί οι ίδιοι δεν είχαν.
Έτσι κάποια εποχή, πιθανόν στις αρχές του 11ου μ.Χ. αιώνα, αποφάσισαν να εγκαταλείψουν την ορεινή διαμονή τους και άρχισαν σιγά-σιγά να πλησιάζουν προς τη θάλασσα. Επέλεξαν μία τοποθεσία χίλια περίπου μέτρα βορειοανατολικούς από την αρχαία Νεάπολη (ή Αιγές για κάποιους) και εκεί έκτισαν τα πρώτα σπίτια. Ήταν ένα ελαφρώς επικλινές κατηφορικό προς τη θάλασσα τμήμα της περιοχής, τριακόσια περίπου μέτρα από τη θάλασσα. Δύο λόφοι, φυσικοί μάλλον, ο «Προφήτης Ηλίας» ανατολικώς και ο «Κουτσόμυλος» ή «Κουκορόζος» δυτικώς, « δέσποζαν» στην περιοχή και μπορούσαν «ανά πάσαν στιγμήν» να ελέγχουν την όλη περιοχή και ιδιαιτέρως τον «Τορωναίο Κόλπο».
Σ’ αυτό το μέρος οι άνθρωποι έκτισαν τα πρώτα σπίτια τους με υλικά από τη γύρω περιοχή(ξυλεία, πέτρες, ασβέστης, νερό), τα οποία υπήρχαν άφθονα, ολιγοστοί ίσως στην αρχή, περισσότεροι όμως αργότερα, ώστε σιγά-σιγά ξεπέρασε τον οικισμό και έγινε ένα μεγαλύτερο χωριό με περισσοτέρους κατοίκους και σπίτια. Το χωριό στα κατοπινά χρόνια ακολούθησε, μαζί με όλα τα άλλα χωριά και τις πόλεις της στενότερης, αλλά και της ευρύτερης περιοχής, την τύχη του. Έζησε ημέρες ευτυχισμένες σε περιόδους ειρηνικές, οπότε οργανώθηκε και αναπτύχθηκε, αλλά και ημέρες δυστυχισμένες, όταν οι διάφοροι πολέμιοι επιδρομείς πολεμούσαν τη Βυζαντινή αυτοκρατορία και το στενότερο ελληνικό χώρο, όπως ήταν η Θεσσαλονίκη και η γειτονική Χαλκιδική, επομένως και το Πολύχρονο.
Το Πολύχρονο συν-αποτέλεσε, μετά την απελευθέρωσή του τον Οκτώβριο του 1912, μία Κοινότητα με το Κασσανδρινό και τα Παζαράκια (Κρυοπηγή). Στις 11 Ιουνίου του 1928 όμως, με απόφαση του Υπουργείου Εσωτερικών, η οποία δημοσιεύθηκε στο υπ’ αριθμόν 176 Φύλλο, τεύχος Α', της Εφημερίδας της Κυβερνήσεως (176 Φ.Ε.Κ., τεύχος A', 11-6-1928), αναγνωρίσθηκε ως ανεξάρτητη Κοινότητα και αποσπάσθηκε από τα άλλα δύο χωριά (Κασσανδρινό-Παζαράκια). Από τότε αρχίζει η νεότερη Ιστορία του χωριού ως ανεξάρτητης Κοινότητας και διαρκεί ως την 31η Δεκεμβρίου του 1998 (70 χρόνια).
Η νέα Κοινότητα στεγάσθηκε αρχικώς σε ένα δωμάτιο της οικίας του Αστεριού Καϊάφα κοντά στα Παρδαλαίικα. Αργότερα μεταφέρθηκε σε ένα μικρό γραφείο σε κοινοτικό χώρο νοτίως του Αγίου Αθανασίου, όπου σήμερα στεγάζεται το Αγροτικό Ιατρείο Πολυχρόνου. Τέλος από το 1981 στεγάζεται στο σημερινό χώρο, όπου μέχρι τότε στεγαζόταν το Δημοτικό Σχολείο. Πρώτος πρόεδρος της νέας κοινότητας υπήρξε ο Γεώργιος Καϊάφας του Αθανασίου και Γραμματέας ο Γεώργιος Δαλαμάγκας του Αστερίου.